VCF (ভেরিয়েন্ট কল ফর্ম্যাট) ফাইলটি হল FASTQ ফর্ম্যাটে আপনার ডেটা প্রক্রিয়াকরণের ফলাফল। এই ফাইলটি আপনার কাঁচা ডিএনএকে একটি "রেফারেন্স জিনোম" (একটি আদর্শ মানব মডেল) এর সাথে তুলনা করে। VCF ফাইলটি সেই স্থানগুলির তালিকা করে যেখানে আপনার ডিএনএ রেফারেন্স জিনোম থেকে আলাদা; অর্থাৎ, আপনার জেনেটিক্সে পাওয়া ভেরিয়েন্টগুলি (SNP, সন্নিবেশ, বা মুছে ফেলা)।
VCF ফাইলগুলি সাধারণত .vcf.gz ফর্ম্যাটে সংকুচিত হয়। বায়োইনফরমেটিক্স টুলগুলি এই সংকুচিত ফাইলগুলিকে সরাসরি পড়ার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে, যদিও এগুলি 7zip বা gzip এর মতো টুল দিয়েও ডিকম্প্রেস করা যেতে পারে।
এটা কার জন্য উপকারী?
- কৌতূহলী ব্যবহারকারীরা : যদি আপনি একটি নির্দিষ্ট জেনেটিক মিউটেশন অনুসন্ধান করতে চান (উদাহরণস্বরূপ, MTHFD1 জিনের ক্রোমোজোম 14-এ 64877827 অবস্থানে)।
- তৃতীয় পক্ষের বিশ্লেষণ : যদি আপনি আপনার ডেটা অন্যান্য পরিষেবাগুলিতে আপলোড করতে চান যারা পূর্বপুরুষ বা স্বাস্থ্য সম্পর্কে তথ্য পেতে WGS ডেটা গ্রহণ করে, তাহলে এই ফর্ম্যাটটি প্রয়োজনীয় মান।
শক্তি
- কার্যকর : এই ফাইলটিতে প্রকৃত জেনেটিক তথ্য রয়েছে।
- কমপ্যাক্ট : শুধুমাত্র পার্থক্যগুলি তালিকাভুক্ত করে, এটি কাঁচা FASTQ ফাইলগুলির তুলনায় অনেক ছোট (FASTQ সম্পর্কে প্রশ্নের লিঙ্ক)।
সীমাবদ্ধতা
- প্রক্রিয়াজাত তথ্য : ফাইলটি tellmeGen (GRCh37) দ্বারা ব্যবহৃত বর্তমান রেফারেন্স জিনোমের উপর নির্ভর করে। যদি রেফারেন্স মডেল পরিবর্তন হয়, তাহলে এই ফাইলটি FASTQ ফাইলের বিপরীতে পুরানো হয়ে যাবে।
ফাইলটি কীভাবে খুলবেন এবং ব্যবহার করবেন
- মৌলিক ব্যবহার : আনজিপ করার পর, এটি একটি টেক্সট ফাইল হিসেবে খোলা যেতে পারে (উইন্ডোজে নোটপ্যাড++ , ম্যাকে টেক্সটমেট সহ)।
- উন্নত ব্যবহার : ভিসিএফ ভিউয়ার অথবা ইন্টিগ্রেটিভ জিনোমিক্স ভিউয়ার (আইজিভি) ব্যবহার করে ভেরিয়েন্টগুলি দৃশ্যমানভাবে দেখুন। আপনার ভিসিএফ ফাইলে অপারেশন করার জন্য আপনি গ্যালাক্সির মতো তৃতীয় পক্ষের সরঞ্জামগুলিও ব্যবহার করতে পারেন।
সিস্টেমের জন্য আবশ্যক
- অপারেটিং সিস্টেম : উইন্ডোজ, ম্যাক অথবা লিনাক্স।
- র্যাম : ৮ জিবি স্ট্যান্ডার্ড।
- স্টোরেজ : <1GB।