পৈতৃক হ্যাপলগ্রুপের গণনা Y ক্রোমোজোমে থাকা জেনেটিক তথ্যের উপর ভিত্তি করে করা হয়। এই ক্রোমোজোমটি শুধুমাত্র পুরুষদের জন্যই প্রযোজ্য এবং এটি শুধুমাত্র পিতা থেকে পুত্রদের মধ্যে সঞ্চারিত হয়, যা প্রজন্মের পর প্রজন্ম ধরে পৈতৃক জেনেটিক ইতিহাসের বিস্তারিত ট্র্যাকিং করার সুযোগ করে দেয়। পৈতৃক হ্যাপলগ্রুপ নির্ধারণের জন্য, Y ক্রোমোজোমের নির্দিষ্ট জেনেটিক মার্কার বিশ্লেষণ করা হয় এবং ফলাফলগুলি একটি অ্যালগরিদম ব্যবহার করে গণনা করা হয় যা পৈতৃক হ্যাপলগ্রুপের বিভিন্ন ডাটাবেসের সাথে এই মার্কারগুলির তুলনা করে। নির্গত জেনেটিক তথ্য সঠিক ফলাফল নিশ্চিত করার জন্য কঠোর মান নিয়ন্ত্রণের মধ্য দিয়ে যায়।
অন্যদিকে, মাতৃ হ্যাপ্লোগ্রুপ গণনা করা হয় মাইটোকন্ড্রিয়াল ডিএনএ- তে থাকা জেনেটিক তথ্য ব্যবহার করে, যা শুধুমাত্র মায়ের কাছ থেকে উত্তরাধিকারসূত্রে পাওয়া যায়। মাইটোকন্ড্রিয়াল ডিএনএ সমস্ত কোষের মাইটোকন্ড্রিয়ায় উপস্থিত থাকে এবং এতে একটি বৃত্তাকার ক্রোমোজোম থাকে যা প্রজন্মের পর প্রজন্ম ধরে মিউটেশন জমা করে। পৈতৃক হ্যাপ্লোগ্রুপের মতো, মাইটোকন্ড্রিয়াল ডিএনএ-তে নির্দিষ্ট জেনেটিক মার্কার বিশ্লেষণ করা হয় এবং মাতৃক হ্যাপ্লোগ্রুপ ডাটাবেসের সাথে তুলনা করা হয়। গণনাটি একটি অ্যালগরিদম ব্যবহার করে করা হয় যা জিনগত মিল অনুসন্ধান করে এবং ফলাফলের নির্ভুলতা নিশ্চিত করার জন্য মান নিয়ন্ত্রণের মধ্য দিয়ে যায়।
উভয় গণনাই প্রতিটি ব্যবহারকারীর জেনেটিক বংশ সম্পর্কে বিস্তারিত তথ্য প্রদান করে এবং তাদের পিতৃতান্ত্রিক এবং মাতৃতান্ত্রিক উভয় ধারার মাধ্যমে তাদের পূর্বপুরুষদের ঐতিহাসিক যাত্রাপথের সন্ধান করতে সাহায্য করে।