Celem farmakogenetyki jest ograniczanie działań niepożądanych leków. W przypadku niektórych leków, dla których istnieją mocne dowody naukowe, zalecenia farmakogenetyczne wyraźnie pomagają im zapobiegać.
Jednak znaczenie mają również inne czynniki: nieanalizowane warianty, inne choroby, pozostałe leki i styl życia. Dlatego przed podjęciem jakiejkolwiek decyzji wyniki należy zawsze omówić z lekarzem.
Obecnie wykonanie badania farmakogenetycznego przed przyjęciem większości leków nie jest obowiązkowe. Organizacje takie jak FDA, CPIC i DPWG publikują wytyczne dotyczące jego wykorzystania, jednak zalecenia różnią się w zależności od leku i dostępnych dowodów.