Plik CRAM zawiera odczyty twojego DNA już zmapowane do genomu referencyjnego GRCh37. Wskazuje pozycję każdego fragmentu w genomie i zawiera informacje o jakości. Jest to etap przetwarzania następujący po FASTQ, zapisany w skompresowanym formacie, który zajmuje znacznie mniej miejsca.
Służy do przeglądania określonych regionów genomu, analizy pokrycia, identyfikacji wariantów lub weryfikacji wyników. Do jego odczytu potrzebne są narzędzia bioinformatyczne, takie jak samtools, bcftools lub IGV, oraz genom referencyjny GRCh37 — ten sam, którego użyto do mapowania, i który jest niezbędny do dekompresji pliku. Orientacyjne wymagania: Linux lub macOS (w Windows — WSL lub inne zgodne narzędzia), co najmniej 32 GB pamięci RAM oraz wystarczająca ilość miejsca na dysku.