Farmakogenetiikan päätavoite on vähentää mahdollisimman paljon tai jopa välttää lääkkeiden haittavaikutuksia. Kun tiedetään, miten perimäsi vaikuttaa tiettyjen lääkkeiden aineenvaihduntaan ja sietokykyyn, voit saada suosituksia, jotka auttavat ehkäisemään sivuvaikutuksia. Joillekin lääkkeille, joista on vahvaa tieteellistä näyttöä, farmakogeneettiset suositukset voivat olla erittäin tehokkaita näiden vaikutusten rajoittamisessa. On kuitenkin tärkeää muistaa, että muut tekijät, kuten analysoimattomat markkerit ja testiin kuulumattomat olosuhteet (esimerkiksi elämäntapa, henkilöhistoria, ympäristötekijät), voivat edelleen vaikuttaa lääkevasteeseen.
Vaikka farmakogeneettinen testi voi tarjota arvokasta tietoa, näistä tuloksista on keskusteltava lääkärin kanssa ennen lääkitystä koskevien päätösten tekemistä, sillä terveydenhuollon ammattilainen on se, jonka tulee valita sopiva hoito ottaen huomioon farmakogeneettisten tietojen lisäksi potilaan yleisen terveydentilan, historian ja muut olennaiset tekijät.
Mitä tulee farmakogeneettisen testin pakollisuuteen, tällä hetkellä sen tekeminen ei ole pakollista ennen lääkkeiden ottamista, vaikka on olemassa useita kansainvälisiä organisaatioita, kuten FDA, CPIC ja DPWG, jotka työskentelevät ohjeiden parissa farmakogenetiikan soveltamiseksi kliinisessä käytännössä. Ei kuitenkaan ole maailmanlaajuista yhteisymmärrystä siitä, mitkä lääkkeet tulisi testata ennen hoidon aloittamista, ja suositukset vaihtelevat tapauksen ja saatavilla olevan näytön mukaan.