¿Puedo tener a la vez variantes protectoras y variantes de riesgo?

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Sí, es lo habitual. Para estimar tu vulnerabilidad genética tenemos en cuenta las variantes analizadas e incluidas en nuestro modelo para esa condición, y cada una tiene un peso distinto: unas la aumentan y otras la reducen. 

El resultado depende de cuáles predominan. Por ejemplo, si tienes pocas variantes de riesgo pero con mucho peso, tu vulnerabilidad puede ser alta aunque también tengas muchas variantes protectoras.