En CRAM-fil inneholder DNA-avlesningene dine etter at de er justert mot referansegenomet GRCh37. Den angir hvor i genomet hvert fragment ligger, sammen med kvalitetsdata. Dette er et trinn etter FASTQ, i et komprimert format som tar betydelig mindre plass.
Filen brukes til å undersøke bestemte genomområder, analysere dekning, identifisere varianter eller validere funn. For å lese den trenger du bioinformatiske verktøy som samtools, bcftools eller IGV og referansegenomet GRCh37. Det er den samme referansen som ble brukt ved justeringen, og den er nødvendig for å dekomprimere filen. Veiledende krav: Linux eller macOS (på Windows via WSL eller andre kompatible verktøy), minst 32 GB RAM og tilstrekkelig lagringsplass.