पैतृक हैलोग्रुप की गणना Y गुणसूत्र (Y chromosome) में निहित आनुवंशिक जानकारी पर आधारित है। यह गुणसूत्र पुरुषों के लिए विशिष्ट है और केवल पिता से पुत्रों (पुरुष) को प्रेषित किया जाता है, जिससे पीढ़ियों के दौरान पैतृक आनुवंशिक इतिहास की विस्तृत ट्रैकिंग की अनुमति मिलती है। पैतृक हैलोग्रुप निर्धारित करने के लिए, Y गुणसूत्र में विशिष्ट आनुवंशिक मार्करों का विश्लेषण किया जाता है, और परिणामों की गणना एक एल्गोरिदम द्वारा की जाती है जो इन मार्करों की तुलना विभिन्न पैतृक हैलोग्रुप डेटाबेस से करता है। निकाली गई आनुवंशिक जानकारी सटीक परिणाम सुनिश्चित करने के लिए कठोर गुणवत्ता नियंत्रण से गुजरती है।
दूसरी ओर, मातृ हैलोग्रुप की गणना माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए (mitochondrial DNA) में निहित आनुवंशिक जानकारी से की जाती है, जो केवल माँ से विरासत में मिलता है। माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए सभी कोशिकाओं के माइटोकॉन्ड्रिया में मौजूद होता है और इसमें एक गोलाकार गुणसूत्र होता है जिसमें पीढ़ियों से उत्परिवर्तन (mutations) जमा हुए हैं। पैतृक हैलोग्रुप की तरह ही, माइटोकॉन्ड्रियल डीएनए के विशिष्ट आनुवंशिक मार्करों का विश्लेषण किया जाता है और मातृ हैलोग्रुप डेटाबेस के साथ तुलना की जाती है। गणना एक एल्गोरिदम द्वारा की जाती है जो आनुवंशिक समानताएं खोजता है और परिणामों की सटीकता की गारंटी के लिए गुणवत्ता नियंत्रण से भी गुजरता है।
दोनों गणनाएँ प्रत्येक उपयोगकर्ता के आनुवंशिक वंश के बारे में विस्तृत जानकारी प्रदान करती हैं और पैतृक और मातृ रेखाओं द्वारा उनके पूर्वजों की ऐतिहासिक यात्राओं का पता लगाने की अनुमति देती हैं।