फार्माकोजेनेटिक्स का मुख्य उद्देश्य दवाओं के प्रति प्रतिकूल प्रतिक्रियाओं को अधिकतम सीमा तक कम करना, या यहाँ तक कि उससे बचना है। यह जानकर कि आपकी आनुवंशिकी कुछ दवाओं के मेटाबॉलिज्म और सहनशीलता को कैसे प्रभावित करती है, आप ऐसी सिफारिशें प्राप्त कर सकते हैं जो दुष्प्रभावों को रोकने में मदद करें। कुछ दवाओं के लिए, जिनमें ठोस वैज्ञानिक प्रमाण हैं, फार्माकोजेनेटिक सिफारिशें इन प्रभावों को सीमित करने में बहुत प्रभावी हो सकती हैं। हालाँकि, यह याद रखना महत्वपूर्ण है कि अन्य कारक, जैसे कि विश्लेषण न किए गए मार्कर, टेस्ट में शामिल न की गई स्थितियाँ (उदाहरण के लिए, जीवन शैली, व्यक्तिगत इतिहास, पर्यावरणीय कारक), दवाओं की प्रतिक्रिया को प्रभावित करना जारी रख सकते हैं।
हालाँकि फार्माकोजेनेटिक टेस्ट मूल्यवान जानकारी प्रदान कर सकता है, लेकिन दवा के बारे में निर्णय लेने से पहले इन परिणामों पर डॉक्टर से परामर्श किया जाना चाहिए, क्योंकि यह स्वास्थ्य पेशेवर ही है जिसे न केवल फार्माकोजेनेटिक डेटा, बल्कि रोगी के सामान्य स्वास्थ्य, उसके इतिहास और अन्य प्रासंगिक कारकों पर विचार करते हुए सही उपचार का चयन करना चाहिए।
फार्माकोजेनेटिक टेस्ट कराने की अनिवार्यता के संबंध में, वर्तमान में दवा लेने से पहले इसे करना अनिवार्य नहीं है, हालाँकि FDA, CPIC और DPWG जैसे कई अंतर्राष्ट्रीय संगठन हैं, जो नैदानिक अभ्यास (clinical practice) में फार्माकोजेनेटिक्स को लागू करने के लिए दिशानिर्देशों पर काम कर रहे हैं। हालाँकि, इस बारे में कोई वैश्विक सहमति नहीं है कि उपचार शुरू करने से पहले किन दवाओं का परीक्षण किया जाना चाहिए, और सिफारिशें मामले और उपलब्ध प्रमाणों के अनुसार भिन्न होती हैं।