CRAM फ़ाइल में आपके डीएनए की वे रीड होती हैं जिन्हें संदर्भ जीनोम GRCh37 के साथ संरेखित किया जा चुका है। इसमें हर टुकड़े की जीनोम में स्थिति और उसकी गुणवत्ता संबंधी जानकारी होती है। यह FASTQ के बाद की अवस्था है और संपीड़ित होने के कारण बहुत कम जगह लेती है।
इसका उपयोग जीनोम के विशेष क्षेत्रों की समीक्षा, कवरेज का विश्लेषण, वेरिएंट की पहचान या निष्कर्षों की पुष्टि के लिए होता है। इसे पढ़ने के लिए samtools, bcftools या IGV जैसे जैवसूचना टूल और वही संदर्भ जीनोम GRCh37 चाहिए जिसका उपयोग संरेखण में हुआ था। फ़ाइल खोलने के लिए यह संदर्भ आवश्यक है। सामान्य आवश्यकताएँ: Linux या macOS (Windows पर WSL या अन्य अनुकूल टूल), कम से कम 32 GB RAM और पर्याप्त स्टोरेज।