- Nejde o diagnózu. Výsledky odhadují genetickou složku pravděpodobnosti vzniku některých onemocnění. Nezohledňují životní styl, prostředí ani rodinnou anamnézu.
- Mohou se vyskytnout falešně pozitivní i falešně negativní výsledky. Nezachycení varianty nevylučuje její přítomnost ani vznik onemocnění.
- Vzácné varianty. Genotypizační čipy nejsou spolehlivé u velmi vzácných variant, například u mnoha variant spojených s dědičnými onemocněními. Každý významný nález je nutné potvrdit v klinické laboratoři.
- Těhotenství a novorozenci. Nejde o prenatální vyšetření ani náhradu novorozeneckého screeningu. Test neslouží k posouzení zdraví plodu ani ke stanovení diagnózy u novorozence.
- Farmakogenetika. Neanalyzuje všechny varianty ovlivňující reakci na lék ani ji nepředpovídá s jistotou. Před změnou léčby musí výsledek posoudit lékař a podle potřeby jej potvrdit klinickým farmakogenetickým vyšetřením. Změna léčby pouze na základě těchto výsledků může být škodlivá.
- Původ. Mnoho studií bylo provedeno v konkrétních populacích. Některé výsledky proto mohou být podle vašeho původu méně přesné.