Soubor CRAM obsahuje čtení vaší DNA zarovnaná k referenčnímu genomu GRCh37. Ukazuje, kde se jednotlivé úseky nacházejí, a obsahuje údaje o kvalitě. Vzniká při zpracování následujícím po souboru FASTQ a díky kompresi zabírá výrazně méně místa.
Používá se k prohlížení konkrétních oblastí genomu, analýze pokrytí, identifikaci variant nebo ověření výsledků. K jeho čtení potřebujete bioinformatické nástroje, například samtools, bcftools nebo IGV, a referenční genom GRCh37. Stejná reference, která byla použita k zarovnání, je nezbytná pro dekompresi. Orientační požadavky: Linux nebo macOS (ve Windows prostřednictvím WSL nebo jiných kompatibilních nástrojů), alespoň 32 GB RAM a dostatek úložného prostoru.