Het hoofddoel van farmacogenetica is het tot een minimum beperken, of zelfs het voorkomen van, bijwerkingen van medicijnen. Door te weten hoe jouw genetica de metabolisering en tolerantie van bepaalde geneesmiddelen beïnvloedt, kun je aanbevelingen ontvangen die helpen bijwerkingen te voorkomen. Voor sommige medicijnen waarvoor solide wetenschappelijk bewijs bestaat, kunnen farmacogenetische aanbevelingen zeer effectief zijn om deze effecten te beperken. Het is echter belangrijk om te onthouden dat andere factoren, zoals niet-geanalyseerde markers of omstandigheden die niet in de test zijn opgenomen (bijvoorbeeld levensstijl, persoonlijke geschiedenis en omgevingsfactoren), de reactie op medicijnen kunnen blijven beïnvloeden.
Hoewel de farmacogenetische test waardevolle informatie kan bieden, moeten deze resultaten met een arts worden besproken voordat er beslissingen over de medicatie worden genomen. De zorgverlener is immers degene die de juiste behandeling moet kiezen, waarbij niet alleen rekening wordt gehouden met de farmacogenetische gegevens, maar ook met de algemene gezondheid van de patiënt, de medische voorgeschiedenis en andere relevante factoren.
Wat betreft de verplichting om een farmacogenetische test te doen: momenteel is het niet verplicht om deze uit te voeren voordat men medicijnen gebruikt. Wel zijn er diverse internationale organisaties zoals de FDA, het CPIC en het DPWG die werken aan richtlijnen voor de implementatie van farmacogenetica in de klinische praktijk. Er is echter nog geen wereldwijde consensus over welke medicijnen voorafgaand aan de behandeling getest moeten worden; de aanbevelingen variëren per geval en op basis van het beschikbare bewijs.