Farmakogenetiikan tavoitteena on vähentää lääkkeiden haittavaikutuksia. Joidenkin lääkkeiden kohdalla on vahvaa tieteellistä näyttöä siitä, että farmakogeneettiset suositukset auttavat ehkäisemään niitä.
Myös muut tekijät vaikuttavat: analysoimattomat variantit, muut sairaudet ja lääkkeet sekä elintapasi. Siksi tulokset on aina arvioitava lääkärin kanssa ennen päätöksentekoa.
Nykyisin farmakogeneettinen testi ei ole pakollinen ennen useimpien lääkkeiden käyttöä. Esimerkiksi FDA, CPIC ja DPWG julkaisevat käyttöä koskevia ohjeita, mutta suositukset vaihtelevat lääkkeen ja saatavilla olevan näytön mukaan.