CRAM-tiedosto sisältää DNA:si sekvensointilukemat valmiiksi kohdistettuina GRCh37-viitegenomiin. Se kertoo kunkin fragmentin sijainnin genomissa sekä laatutiedot. Tiedosto edustaa FASTQ-tiedostoa myöhempää käsittelyvaihetta ja on pakattu huomattavasti pienempään tilaan.
Sitä käytetään genomin tiettyjen alueiden tarkasteluun, sekvensointisyvyyden analysointiin, varianttien tunnistamiseen ja löydösten varmentamiseen. Lukemiseen tarvitset bioinformatiikan työkaluja, kuten samtoolsin, bcftoolsin tai IGV:n, sekä GRCh37-viitegenomin. Se on sama viitegenomi, jota käytettiin kohdistuksessa, ja sitä tarvitaan tiedoston purkamiseen. Suuntaa antavat vaatimukset: Linux tai macOS (Windowsissa WSL:n tai muiden yhteensopivien työkalujen kautta), vähintään 32 Gt RAM-muistia ja riittävästi tallennustilaa.