保護的なバリアントとリスクを高めるバリアントを両方持つことはありますか？

はい。一般的なことです。推定には、その疾患・状態について解析されモデルに含まれるバリアントを使います。それぞれ効果の大きさが異なり、なりやすさを高めるものと下げるものがあります。

どちらの効果が強いかによって結果が決まります。例えばリスクを高めるバリアントが少なくても効果が大きければ、保護的なバリアントを多く持っていても、なりやすさが高くなる場合があります。