CRAMには、参照ゲノムGRCh37にアラインメントしたDNAのリードが含まれます。各断片がゲノム上のどこに位置するかと、その品質情報を記録します。FASTQの次の処理段階に当たる圧縮形式で、必要な容量を大幅に減らせます。
特定のゲノム領域の確認、カバレッジ解析、バリアントの検出や検証に使用します。読み込むにはsamtools、bcftools、IGVなどのツールと、アラインメントに使用した参照ゲノムGRCh37が必要です。この参照ゲノムは展開にも不可欠です。目安となる要件は、LinuxまたはmacOS（WindowsではWSLなどの対応ツールを使用）、32 GB以上のRAM、十分な空き容量です。