Posso ter variantes protetoras e variantes de risco ao mesmo tempo?

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Sim, isso é comum. Para estimar sua predisposição genética, consideramos as variantes analisadas e incluídas no nosso modelo para aquela condição. Cada uma tem um peso diferente: algumas aumentam a predisposição e outras a reduzem. 

O resultado depende de quais efeitos predominam. Por exemplo, se você tiver poucas variantes de risco, mas com grande peso, sua predisposição poderá ser alta mesmo que também tenha muitas variantes protetoras.