L'obiettivo della farmacogenetica è ridurre le reazioni avverse ai medicinali. Per alcuni farmaci, sostenuti da solide evidenze scientifiche, le raccomandazioni farmacogenetiche aiutano chiaramente a evitarle.
Tuttavia, influiscono anche altri fattori: varianti non analizzate, altre malattie, altri medicinali o lo stile di vita. Per questo i risultati devono sempre essere valutati con il medico prima di prendere qualsiasi decisione.
Attualmente non è obbligatorio eseguire un test farmacogenetico prima di assumere la maggior parte dei medicinali. Organizzazioni come FDA, CPIC e DPWG pubblicano linee guida sul suo utilizzo, ma le raccomandazioni variano in base al farmaco e alle evidenze disponibili.